Argumento de Assassin's Creed III
La historia es la continuación directa de la entrega anterior. Desmond y sus compañeros, localizan y llegan a la bóveda de los precursores, lugar que Júpiter mostró a Desmond durante su coma; entran en una cripta que lleva mucho tiempo cerrada, el "Gran Templo", elegido por la primera civilización como almacén para guardar sus conocimientos. Poco después de su llegada, aparece Juno para mostrar a Desmond momentos de la vida de un nuevo antepasado, Haytham Kenway.
En 1754, Haytham Kenway entra en el Teatro Real de Londres en la representación de la ópera del mendigo. Allí asesina a un hombre y le roba un amuleto. Reginald Birch, un hombre londinense y amigo de Haytham, descubre que "El Gran Templo" de "Los que vinieron antes" está en el Estado de Nueva York, así que envía a Haytham a las trece colonias para reunirse con el resto de los Templarios.
Haytham es recibido en Boston por uno de los hombres de la lista, Charles Lee. Juntos reúnen a los demás hombres de la lista, William Johnson, John Pitcairn, Benjamin Church, al que salvan antes de que el matón de un esclavista llamado "Cutter", lo mate y un viejo amigo de Haytham, Edward Braddock. Finalmente se reúnen todos en la Taberna Green Dragon, donde Johnson les dice que el amuleto que había traído Haytham es del estilo de una tribu Mohawk, a la cual tiene esclavizada Silas Thatcher. El grupo decide ir al fuerte Southgate, Church acaba con Silas y Haytham libera a los prisioneros, entre ellos una chica Mohawk llamada Ziio.
Lee y Haytham viajan al pueblo de Lexington, donde ha sido vista la mujer Mohawk. Haytham la encuentra y ella le dice que sabe dónde está la puerta del "Gran Templo" y que sólo se lo enseñará si le ayuda a echar de esas tierras a los "extranjeros", comandados por un hombre al que llaman "El Bulldog" (Braddock). El grupo de Haytham y algunas tribus de la zona tienden una emboscada a los "extranjeros" y Haytham asesina a Braddock. La mujer Mohawk, Ziio, cumple su promesa y lo lleva hasta la puerta del "Gran Templo", pero una vez allí y para decepción de Haytham, el amuleto no abre nada y decide seguir con su búsqueda. Haytham se reúne con el grupo para introducir formalmente a Charles en su orden, que sorprendentemente es la orden de los Templarios. Haytham y Ziio mantienen una relación apasionada. Esta relación termina rápidamente, ya que Ziio se niega a aceptar la forma de actuar del templario. Haytham se marcha ignorando que ella espera un hijo suyo.
A partir de este momento, en el presente, el vínculo ancestral de Desmond pasa a ser el hijo de Ziio, Ratonhnhaké:ton. En 1760, Ratonhnhaké:ton, con tan sólo 5 años de edad, es atacado brutalmente por Charles Lee, este le ordena que transmita un mensaje a los suyos, quiere saber donde se encuentra el templo de los precursores. El niño le jura a Charles que algún día lo encontrará y lo matará. Charles y el resto de templarios se burlan de él y le golpean antes de irse. Al recuperar el sentido, el niño vuelve a casa, ve como su aldea arde entre llamas y como su madre muere, diciéndole justo antes que sea fuerte. La historia da un salto de 10 años y vemos como el personaje es ya un adolescente, Ratonhnhaké:ton, que vive en una nueva aldea, debe participar en un rito de iniciación en el que tendrá que interactuar con uno de los fragmentos del Edén. Durante el viaje posterior al rito, la diosa Juno se dirige a él para encargarle la protección del "Santuario" (Templo en el que Desmond se encuentra en el presente). Juno le muestra un futuro en el que su nación es aplastada y le ofrece una alternativa, el símbolo de los asesinos. Ratonhnhaké:ton debe buscar a un hombre que ayudó a su madre en el pasado y que guarda una conexión especial con el símbolo mostrado por Juno. Al encontrar al hombre, llamado Achilles, se encontrara con su continuo rechazo. Finalmente el joven consigue demostrar su valor al derrotar a un grupo de ladrones que pretende asaltar a su reacio mentor, es entonces cuando el anciano se compromete a entrenarlo. Para integrarse mejor en el Nuevo Mundo Achilles aconseja al joven que cambie su nombre por el de Connor.
Tras varios años de entrenamiento intensivo, Connor, ya puede vestir el atuendo de los Asesinos y usar sus herramientas para luchar contra los templarios que amenazan su poblado. Connor, se ve envuelto en un altercado, los ciudadanos de Boston están provocando disturbios por la Ley del Timbre, todos los indignados van a la casa de aduanas y aunque Connor intenta evitarlo, los guardias disparan (por culpa de Charles Lee) a la multitud, produciéndose así, la Masacre de Boston. Lucha con sus aliados y poco a poco va reviviendo a la hermandad de asesinos durante los sucesos de la revolución americana, al acabar con los templarios leales a su padre.
Achilles informa a Connor que el peligro ahora es John Pitcairn y parte hacia Lexington y Concord para avisar a las milicias de que los Regulares Británicos están en camino, lo que hoy en día es conocido como Cabalgata de Medianoche. Al día siguiente llegan los regulares y Pitcairn les dice a los rebeldes que se disuelvan, pero un soldado británico abre fuego y empieza la Guerra de Independencia de los Estados Unidos. Connor dirige la Batalla de Concord, los patriotas vencen y la historia pasa del 19 de abril al 17 de junio, en la Batalla de Bunker Hill. Connor consigue, con la ayuda de Israel Putnam, hacer que John Pitcairn salga de Boston y vaya al campamento lealista, Ratonhnhaké:ton atraviesa el campo de batalla y se infiltra en las filas enemigas, asesinando a John Pitcairn y cogiendo un documento, de esta manera, descubre un complot contra el Comandante Washington.
El conspirador resulta ser Thomas Hickey. Connor llega hasta él e inician una persecución por la ciudad hasta que son detenidos, en la prisión de Bridewell, Connor es encerrado mientras que Hickey es liberado por Charles Lee. Charles y Hickey le dicen a Connor que será ejecutado por conspirar contra Washington. En la ejecución, Connor escapa con ayuda de los Asesinos y mata a Hickey antes de que este asesine a Washington. Tras esto, Connor irrumpe en el Congreso Continental, Filadelfia, durante la Declaración de Independencia de los Estados Unidos de América, el 4 de julio de 1776.
El camino de Connor lo lleva a enfrentarse directamente a su padre, Haytham, este le revela las verdaderas intenciones de los templarios, no quieren apoyar a los británicos como Connor creía, simplemente quieren manipular los acontecimientos para asegurarse de que, llegado el momento, su orden se quedara con el poder. Haytham y Connor llegan a un acuerdo temporal, colaborarán mientras sus intereses coincidan en apoyar la causa de la independencia, pero en el fondo, cada uno alberga la esperanza de convencer al otro de su ideología, por lo que su alianza tendrá un carácter endeble. Haytham quiere ver muerto y deshonrado a Gerorge Washington y que Charles Lee asuma el mando, por su parte, Connor ansía cumplir su promesa y acabar con Charles y así vengar el ataque sufrido por su tribu y proteger su futuro.
Connor se ve obligado a asesinar a Haytham, cuando la agresión de su padre y el deseo de proteger a Charles, no le dejan otra alternativa. Tras esto se dirige a enfrentarse a su enemigo, el último templario importante. El ataque inicial de Connor deja a Charles Lee gravemente herido, exhausto, Connor sigue a Lee hasta una taberna, en la que los dos rivales comparten un momento de reflexión silenciosa. Resignado a su destino Lee no hace nada para protegerse y el Asesino lo mata y recupera el amuleto de la primera civilización.
Pero Connor no tiene mucho que celebrar, entiende que la nueva nación no ha perdido las viejas actitudes imperialistas y racistas británicas contra las minorías y los indígenas afro-americanos; y a pesar de que entre los rebeldes durante años entre los colonos habían llegado a ser tan populares las palabras: libertad e igualdad, la esclavitud sigue siendo una triste realidad social. Además, descubre que su tribu tuvo que dejar su tierra natal, debido a que Gerorge Washington y el gobierno americano, ha comprado la tierra de los indígenas para pagar las deudas de la guerra y les obligó a irse.
Connor regresa a su aldea, ahora en ruinas y encuentra un fragmento del Edén y lo utilizara para comunicarse con Juno, quien se muestra impasible ante la desgracia de su pueblo, simplemente esta satisfecha porque cumplieron con su cometido. Juno comunica a Connor su última misión, esconder el amuleto donde nadie puede encontrarlo. Este decide esconderlo en la tumba de Connor Davenport, enterrado junto a su padre Aquilles, quien murió de viejo un par de años antes, algo que resume perfectamente el terrible precio que a pagado por enviar el amuleto a su futuro dueño.
En el presente, Desmond debe volver a la estructura de Abstergo, al sur de Roma, donde fue hecho prisionero en el primer Assassin's Creed. Se ve obligado a volver allí porque los templarios capturaron a su padre, William, ya que consiguió recuperar un artefacto en Egipto para obligarlos a volver y que les den el ""Fruto del Edén"". Tras utilizar los poderes del "Fruto" para liberar a su padre y matar a Warren Vidic, Desmond encuentra el amuleto que ocultó su antepasado y una vez abierta la cámara interna del "Gran Templo", Juno le dice que sabe cómo salvar al mundo del inminente cataclismo, pero que para eso, ella tendría que renacer y él morir. A continuación, aparece Minerva, que le cuenta a Desmond la verdad, que ella y otros líderes de la primera civilización intentaron evitar la catástrofe, que Juno aprovechó la confusión y el caos para conquistar el mundo, no para salvarlo y al descubrirse su traición, fue condenada a muerte junto a sus cómplices, sus cuerpos se encerraron en lo más profundo del "Gran Templo" pero Juno, logró sobrevivir y transmitió su conciencia al "Gran Templo" por medio de la tecnología de la "transcendencia" y estuvo planeando durante miles de años y dirigiendo de forma sutil la historia humana, hasta llegar a su encuentro con Desmond.
Para terminar Minerva advierte a Desmond de que si accede a los deseos de Juno, la humanidad del futuro terminará esclavizada, puesto que Juno odia profundamente a los humanos porque considera que son la causa del fin de su pueblo y todo los que amaba. Minerva se ve obligada a explicar a Desmond las opciones que tiene y sus efectos:
Si no libera a Juno, permitirá que la llamarada solar acabe con la mayor parte de la humanidad, Desmond sobrevivirá y guiaría a los supervivientes, convirtiéndose en un nuevo guía espiritual para una nueva humanidad renacida, sus palabras durarán mucho tiempo tras su muerte natural, pero como siempre sucede en los ciclos de la civilización humana, sus palabras y la religión nacida de ellos se distorsionará a través de los siglos y se utilizará para esclavizar a las masas, como ya ha sucedido en épocas anteriores.
Si libera a Juno, Desmond es necesario para activar la máquina, ya que sólo él tiene la concentración del ADN de los precursores necesarios para encenderlo, pero esto lo matará. La humanidad sobrevivirá, pero permitirá a Juno liberarse del templo e intentar esclavizar a la humanidad.
Desmond se niega a dejar morir a la humanidad alegando que siempre hay esperanza y dice que la Hermandad tendrá que encontrar una manera de luchar contra Juno en el futuro, por lo que decide sacrificarse a sí mismo, despidiéndose de su padre, de Shaun y de Rebecca y diciéndoles que abandonen el templo. Los tres obedecen y Desmond activa la máquina, lo que genera una especie de campo de defensa en todo el mundo. Lo que se describe en las noticias como una aurora boreal mundial que protege la vida y la civilización de la radiación solar. Desmond muere y durante los créditos finales vemos como Juno, ya liberada, se eleva sobre el cadáver de este y le dice que jugó bien su papel pero que ahora es su momento.
Después de los créditos, vemos el epílogo de la historia de Connor, heredó la casa de Aquiles, va al sótano donde se guardaban las armas y la ropa de la Orden, toma las fotos de todos los Templarios y las quema, fuera, en la entrada de la casa, retira el hacha de guerra, que había plantado allí cuando era joven.
